Organisasi Muhammadiyah sendiri pada mulanya diusulkan oleh kerabat dan sekaligus sahabat Kyai Ahmad Dahlan yang bernama Muhammad Sangidu, seorang Ketib Anom Kraton Yogyakarta dan tokoh pembaruan yang kemudian menjadi penghulu Kraton Yogyakarta, yang kemudian diputuskan Kyai Dahlan setelah melalui salat istikharah.
Pada masa kepemimpinan Kyai Dahlan (1912-1923), pengaruh Muhammadiyah terbatas di karesidenan-karesidenan seperti: Yogyakarta, Surakarta, Pekalongan, dan Pekajangan, sekitar daerah Pekalongan sekarang.
Selain Yogya, cabang-cabang Muhammadiyah berdiri di kota-kota tersebut pada tahun 1922, tahun 1925 Abdul Malik Karim Amrullah membawa Muhammadiyah ke Sumatra Barat dengan membuka cabang di Sungai Batang, Agam.
Dalam tempo yang relatif singkat, arus gelombang Muhammadiyah telah menyebar ke seluruh Sumatra Barat, dan dari daerah inilah kemudian Muhammadiyah bergerak ke seluruh Sumatra, Sulawesi, dan Kalimantan. Pada tahun 1938, Muhammadiyah telah tersebar ke seluruh Indonesia.
Merunut kepada silsilah beliau, melalui Sunan Giri (Raden Ainul Yaqin) KH Hasyim Asy’ari dan KH Ahmad Dahlan memiliki garis keturunan yang sama sampai dengan Rasulullah dengan urutan lanjutan sebagai berikut:
KH Hasyim Asy’ari
Maulana Iskhaq
Sunan Giri (Raden Ainul Yaqin)
Abdurrohman / Jaka Tingkir (Sultan Pajang)
Abdul Halim (Pangeran Benawa)
Abdurrohman (Pangeran Samhud Bagda)
Abdul Halim
Abdul Wahid
Abu Sarwan
KH. Asy’ari (Jombang)
KH. Hasyim Asy’ari (Jombang)
Silsilah KH. Ahmad Dahlan
Maulana Iskhaq
Sunan Giri I (Prabu Satmata), salah seorang anggota wali songo
Sunan Giri II (Sunan Dalem)
Pangeran Kedhanyang (Ki Ageng Gribig I
Ki Ageng Gribig II
Ki Ageng Gribig III
Ki Ageng Gribig IV
Demang Jurang Juru Sapisan
Demang Jurang Juru Kapindo
Kyai Ilyas
Kyai Murtadha
Kyai Muhammad Sulaiman
Kyai Abu Bakar
KH Ahmad Dahlan