Untuk mematangkan persiapan Indonesia menyambut kemerdekaannya, pada tanggal 29 April 1945 dibentuklah Badan Penyelidik Usaha-usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia (BPUPKI) yang anggotanya berjumlah 62 orang diketuai oleh Soekarno dan Mohammad Hatta sebagai wakilnya. Dalam badan itu juga tercantum nama K.H. Wahid Hasyim sebagai anggota. BPUPKI selain menyusun Undang-Undang Dasar (UUD) juga muncul pembicaraan mengenai bentuk negara.
Polarisasi pendapat di dalam BPUPKI mengenai bentuk negara! satu pihak menginginkan Indonesia menjadi negara Islam, pihak lainnya menginginkan Indonesia menjadi negara kesatuan nasional yang memisahkan negara dan agama. di BPUPKI inilah Soekarno meletakkan dasar-dasar bakal negara Indonesia.
Sebagian umat Islam menginginkan dibentuknya Negara Islam sehingga memungkinkan dilaksanakannya syariat Islam secara penuh. Menurut Soekarno ada dua pilihan tentang bentuk negara Indonesia yakni persatuan staat-agama tetapi sonder (tanpa) demokrasi atau demokrasi tetapi staat dipisahkan dari agama. (Deliar Noer, 1996: 307)
Soekarno condong memilih pilihan yang kedua.
Menurutnya, negara demokrasi dengan memisahkan agama dari negara tidak mengabaikan (nilai-nilai) agama. (Nilai-nilai) agama bisa dimasukkan ke dalam hukum yang berlaku dengan usaha mengontrol parlemen, sehingga undang-undang yang dihasilkan parlemen sesuai dengan Islam. Pemikiran Soekarno ini substansialistik yang menginginkan dilaksanakannya ajaran Islam, tetapi tidak setuju terhadap formalisasi ajaran Islam.
Dalam pidatonya tanggal 1 Juni 1945, Soekarno mengusulkan agar negara Indonesia didasarkan pada Pancasila atau lima dasar, yakni! 1) kebangsaan! 2) Internasionalisme, perikemanusiaan! 3) Permusyawaratan, perwakilan, mufakat! 4) Kesejahteraan! 5) Ketuhanan.
Polarisasi di BPUPKI tidak berhenti begitu saja. Perdebatan sengit tentang sila Ketuhanan yang Maha Esa dengan kewajiban melaksanakan syariat agama Islam bagi pemeluk-pemeluknya yang diajukan dalam Piagam Jakarta. Tujuh kata terakhir mendapat tentangan keras dari kelompok nasionalis-sekuler-kristen. Perdebatan ini menurun ketika para pemimpin nasionalis-muslim seperti Wahid Hasyim, Kasman Singodimedjo, dan Bagus Hadikusumo dalam pertemuannya dengan Hatta menjelang sidang PPKI (Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia) pada tanggal 18 Agustus 1945, sepakat untuk mencabut tujuh kalimat dalam Piagam Jakarta yang menjadi titik sengketa dengan kelompok nasionalis-sekuler-kristen.